Еще задолго до нашей эры в Китае, а затем и в Римской империи предпринимались попытки охраны рыб и мест их воспроизводства. С развитием рыболовства во всем мире развивалась и система охраны рыбных запасов.

В настоящее время в России охрана ценных промысловых видов рыб возложена на Государственные органы рыбоохраны. Эти органы состоят из 26 бассейновых управлений, включающих 400 региональных инспекций рыбоохраны. Задачей органов рыбоохраны помимо охраны промысловых запасов и среды обитания рыб, является регулирование промыслового и любительского лова, а также воспроизводство ценных видов рыб. В систему органов рыбоохраны входят 56 рыбоводных заводов, которые обслуживают промысел и занимаются воспроизводством рыб в естественных водоемах. В водоемы ежегодно выпускается свыше 3 миллиардов штук молоди осетровых, лососевых, сиговых и растительноядных рыб. В системе обществ охотников и рыболовов и на некоторых предприятиях также существуют цеха, рыбопитомники и нерестово-выростные хозяйства, осуществляющие зарыбление водоемов, как в рекреационных целях , так и для промысла.

Наряду с органами рыбоохраны контроль за экологическим состоянием водоемов осуществляют санэпидемстанции и региональные комитеты по охране окружающей природной среды.