Резкое снижение численности многих видов рыб особенно усилилось во второй половине XX века и вызвано комплексным воздействием антропогенных факторов, которые условно можно разделить на три группы.

Физическое воздействие. Формы его очень различны. Прежде всего это зарегулирование стока и строительство плотин на реках. Так, плотина Волгоградской ГЭС отрезала практически 100% нерестилищ белуги и белорыбицы, 80% нерестилищ русского осетра и 70% нерестовых площадей каспийских проходных сельдей. Из 3400 га бывших на Волге естественных нерестилищ осетровых осталось только около 400 га, большая часть из которых в настоящее время заилена. Иркутская ГЭС на нижней Ангаре подняла уровень Байкала более чем на 1 м, что привело к резкому снижению численности байкальских широколобок, основного кормового объекта байкальского омуля и нерпы, и перестройке всей экосистемы озера. В водохранилищах сокращается число видов, исчезают реофильные рыбы (подуст, елец, голавль, вырезуб) и возрастает численность лимнофилов (плотва, лещ, окунь, судак).

Огромный урон рыбному населению наносит лесосплав по рекам, особенно молевой. Тонет и гниет древесина, изменяется химизм воды, засоряется дно реки. Особенно большой вред лесосплав причиняет в наших северных реках ценнейшим рыбам — лососевым и сиговым, откладывающим икру на дно. В том же Байкале многие нерестилища омуля вышли из строя, оказавшись заваленными толстым слоем утонувшей древесины, что привело к резкому ухудшению условий его естественного воспроизводства.

Добыча строительных материалов (например, песчано-гравийной смеси) со дна рек, а также полезных ископаемых также разрушает нерестилища, приводит к увеличению мутности воды и образованию мертвых зон. К примеру, в результате добычи золота в Магаданской области более 30 рек полностью лишились рыбного населения, а на 62 реках промысел стал нерентабелен [2].

Все увеличивающееся водопотребление очень часто вызывает гибель молоди в водозаборах: в одной только Астраханской области ежегодно погибает около 14 млрд. молоди рыб, что в пять раз превышает выращиваемую в нерестововырастных хозяйствах [2]. Расход воды на энергетические и другие цели привел к снижению уровня Севана почти на 20 м, что явилось основной причиной экологической катастрофы в этом уникальном озере.

Большой вред рыбным запасам причиняет и так называемое тепловое загрязнение водоемов отработанными водами с тепловых и атомных электростанций, в результате чего исчезают многие стенотермные, холодолюбивые рыбы, прежде всего лососи и сиги, а преимущественное развитие получают карповые рыбы.

Химическое воздействие. Это одно из наиболее сильных форм воздействия на гидробионтов, в том числе и рыб. Ежегодно в Мировой океан сбрасывается около 30 тыс. химических соединений - 1,2 млрд. т [2]. Наиболее крупными группами токсикантов являются соли металлов (в том числе и тяжелых: меди, свинца, ртути), нефтепродукты, синтетические поверхностно-активные вещества (СПАВ) и пестициды. В бассейне Оби ежегодно попадает в реки более 1 млн. т нефти [2]. В Москворецкую систему водоснабжения (выше столицы) в последние годы поступает 135 млн. кубометров сточных вод, особенно с животноводческих ферм. Во многих водоемах содержание токсикантов в воде в десятки и сотни раз превышает установленные нормы — ПАК (предельно допустимые концентрации). Особенно страшны залповые выбросы с предприятий, которые неоднократно наблюдались на Волге и приводили к массовой гибели ценнейших осетровых рыб.

Попадание огромного количества биогенных элементов (удобрения, канализационные стоки, отходы животноводства) усиливает эвтрофикацию водоемов, вызывает цветение воды, приводит к зарастанию и заиливанию дна и часто является причиной массовых заморов рыбы. Во многих водоемах в результате происходит полная смена ихтиофауны: длинноцикловые, более ценные рыбы замещаются на короткоцикловые, менее ценные. Наши крупные озера Северо-Запада (Ладожское, Онежское) постепенно превратились из лососево-сиговых в окунево-плотвично-лещевые.

В последние два-три десятилетия наблюдается значительное изменение рН водоемов в результате выпадения кислых дождей. У рыб нарушается ионная и осмотическая регуляции, понижается оплодотворяемость икры, увеличивается число уродов. Установлено, что при рН 5,5—4,0 выживают лишь два-три вида рыб (плотва, окунь, щука), апри рН менее 4,0 рыбы уже не живут [2].

Биологическое воздействие. Общая мировая добыча рыбы на протяжении XX века выросла с 4 млн. т в 1900 году до 100 млн. т в последние годы. Результатом явился перелов многих ценных рыб: палтусов, камбал, сельдей, трески, осетровых, лососевых. Разгромлены запасы почти всех антарктических промысловых рыб (мраморная нототения, ледяная рыба, клыкачи), морских окуней в Тихом океане. Огромный урон наносит браконьерство. Так, на Каспии варварский, нелегальный вылов осетровых сопоставим с объемом официальной добычи, а вероятно, и превышает его. Такая же ситуация сложилась и на многих других рыбопромысловых водоемах России.

Серьезную перестройку в экосистемах водоемов вызывает и акклиматизация, широко проводившаяся в нашей стране в 50—60-е годы. Наряду с удачными примерами (вселение растительноядных рыб в европейские и среднеазиатские водоемы) очень много и неудачных попыток вселения рыб, приведших к негативным результатам. Так, вселение в конце 30-х годов севрюги в Аральское море вызвало массовую эпизоотию ценнейшего аральского шипа Асipenser nudiventris (вместе с севрюгой был занесен жаберный сосальщик Nitzschia sturlonis). Акклиматизация хищника-судака Stivistedion lucioperca в озере Балхаш привела к уничтожению местных аборигенных видов: балхашского окуня Perca schrenki и маринки Schiwthorax argentatus. В водоемы Средней Азии вместе с перевозимой из Китая молодью белого амура и толстолобика попало множество мелких, сорных рыб: востробрюшка, горчаки, пескари.

Ареал многих короткоцикловых рыб в последние годы расширяется и путем саморасселения по судоходным каналам, водохранилищам. Так, снеток Osmerus eperlanus eperlanus morpha spirinchus из бассейна Балтийского моря прошел по каналам и спустился по Волге до Куйбышевского водохранилища. Килька Clupeonella delicatula из Северного Каспия поднялась вверх по Волге и стала массовой рыбой в Волгоградском, Саратовском и Куйбышевском водохранилищах. Южные бычки также поднимаются высоко по рекам, а кругляк Neogobius melanostomus и цуцик Proterorhinus marmoratus стали обычными рыбами в Москве-реке в черте столицы.

Одним из важнейших способов поддержания численности ценных видов рыб является искусственное разведение, однако из-за использования ограниченного числа особей часто происходит снижение генетического разнообразия и обеднение генофонда популяции или вида. Особенно это касается видов со сложной популяционной структурой (осетровые, лососевые). У осетровых, например, искусственное воспроизводство базируется в основном на так называемых яровых формах (то есть идущих в реки весной со зрелыми половыми продуктами и нерестующих с ходу ), а озимые формы (заходящие осенью с незрелыми гонадами и зимующие в реках на ямах), с которыми рыбоводу работать значительно сложнее, почти не используются. К тому же молодь, выращенная на рыбоводных заводах, часто бывает менее жизнестойкой, чем молодь от естественного нереста. Это лишь некоторые основные факторы, негативно влияющие на рыб, примеры которых можно было бы значительно увеличить.